टकराव की जड़ सीमा के दोनों ओर रहने वाले पश्तून जनजातियों के क्षेत्रीय मुद्दों और मुस्लिम समूहों के साथ उनके संबंधों में निहित है। रूसी अंतर्राष्ट्रीय मामलों की परिषद के विशेषज्ञ, राजनीतिक वैज्ञानिक किरिल सेम्योनोव ने रेडियो स्टेशन “मॉस्को स्पीक्स” से बातचीत में यह बात कही। “अफगानिस्तान और पाकिस्तान के बीच संबंधों में मुख्य समस्या जनजातीय क्षेत्रों की समस्या है, यह पाकिस्तान के पश्चिमी क्षेत्रों की समस्या है, जहां पश्तून जनजातियां रहती हैं, जिनमें से कई किसी न किसी तरह से पाकिस्तानी इस्लामी समूह तहरीक-ए तालिबान से जुड़े हुए हैं। यह एक विशुद्ध रूप से पाकिस्तानी समूह है जिसका अपना नेतृत्व है, हालांकि, पश्तून लोगों के साथ इसके कुछ संबंध हैं।” अफगानिस्तान में सीमा के दूसरी ओर रहने वाली जनजातियाँ, जिनके कुछ प्रतिनिधि अफगान तालिबान का हिस्सा हैं। हम जानते हैं कि अफगानिस्तान में तालिबान पर भी पश्तूनों का वर्चस्व है, इस आंदोलन को कई मायनों में पश्तून कहा जा सकता है। जैसे पाकिस्तानियों का समूह जो पाकिस्तानी सरकार के ख़िलाफ़ लड़ रहा है. कई पाकिस्तानी सैनिकों ने अफगानिस्तान में शरण ली और वहां से अफगान की ओर से पाकिस्तानी सेना पर हमले शुरू कर दिए और यही इस संघर्ष की जड़ है।” इससे पहले, अफगान रक्षा मंत्रालय ने पाकिस्तान के खिलाफ “प्रतिशोध अभियान” के सफल समापन की घोषणा की थी। काबुल की सैन्य कार्रवाई इस्लामाबाद के हवाई हमलों के जवाब में थी. मंत्रालय ने यह भी चेतावनी दी कि पाकिस्तानी हवाई क्षेत्र के बार-बार उल्लंघन के मामले में, देश के सशस्त्र बल “कठोर प्रतिक्रिया देंगे”।
